Художник, искусствовед, историк, организатор музейного дела и народного образования, Усеин Боданинский происходил из интеллигентной крымскотатарской семьи. Рано обнаружив художественные способности, он обучался в Строгановском художественно-промышленном училище в Москве. После его окончания Боданинский работал преподавателем рисования в коммерческом училище Симферополя и руководителем одной из строгановских художественно-промышленных школ для детей в Московской губернии, а также занимался оформительской работой в Санкт-Петербурге.
В начале ХХ века он выезжал для творческих стажировок в Стамбул, Париж, Мюнхен и Дрезден, обучался живописи в Италии. В годы Первой Мировой войны Усеин вернулся в Крым, где застал революционные события. По предложению Временного мусульманского исполнительного комитета художник в 1917 году занял должность директора только что созданного на базе Ханского дворца Национального музея. Он стал фактически основателем Бахчисарайского историко-культурного и археологического музея-заповедника.
Руководил Боданинский музеем и при его воссоздании советской властью, одновременно возглавляя с 1922 года и Бахчисарайский отдел секции охраны памятников истории и искусства (ОХРИС) Крымской АССР. Как искуствовед и историк он стал инициатором исследования и спасения многих рукописей, памятников архитектуры, археологии и крымскотатарского искусства в Бахчисарае и в других городах Крыма. Им написаны десятки статей по проблемам крымскотатарской истории, этнографии, крымского краеведения.
Множество усилий Боданинский приложил к делу организации бахчисарайской художественно-промышленной школы, преобразованной в 1927 году в Бахчисарайский кустарный художественно-промышленный техникум народов Востока.
В 1934 году, заподозренный в буржуазном национализме, он был отстранён от заведования музеем. Попытки Усеина Боданинского спастись от преследований, найдя работу художника-декоратора в Москве или Тбилиси, не увенчались успехом. В 1937 году его арестовали по сфабрикованному делу крымскотатарских буржуазных националистов. Боданинского расстреляли в 1938 году в Симферополе вместе с 16 другими выдающимися представителями национальной культуры крымских татар.