В 1941 году фронт пролегал всего в нескольких десятках километров от Валдая. В сентябре Военный Совет Ленинградского фронта создал штаб руководства партизанским движением на оккупированных территориях Ленинградской области. В те годы город Валдай являлся её частью, было принято решение об организации здесь одной из оперативных групп штаба. На улице Народной до наших дней сохранился дом (№ 35), где с ноября 1941 года до 1944 года размещались оперативная штабная группа и Партизанский отдел Северо-Западного фронта, когда партизаны объединились с регулярными частями Красной Армии.
Всё это время здесь находился кабинет А. А. Тужикова (1909–1993) — старшего батальонного комиссара, заместителя начальника Партизанского отдела. Отсюда контролировалось 25 районов страны, выпускался целый ряд партизанских газет и листовой. В Валдае партизаны отдыхали и лечились. В деревне Едрово Валдайского района находилась партизанская авиационная база.
Командование концентрировало силы, объединяя разрозненные отряды в партизанские бригады, которые могли навязать противнику свою тактику. Было необходимо обеспечить огневую силу и организовать систему обучения. В бригадах и отрядах создали сеть партийных и комсомольских организаций. Главную роль в партизанском движении по всей линии Северо-Западного фронта сыграла 2-я Ленинградская партизанская бригада, которая стала настоящей угрозой для немцев. Поэт-партизан И. В. Виноградов (1918–1995) посвятил ей песню: «Дрожи, зверьё германское, когда с тобой / Вторая Партизанская вступает в бой!»
Её командиром был Н. Г. Васильев (1908–1943). Ещё в конце лета 1941 года отряды бригады перешли линию фронта и обосновались в псковских лесах, где больше года удерживали от натиска врага целый партизанский край с 200 сёлами и деревнями. В переходах по сырым лесам комбриг сильно простудился. На самолёте его доставили в тыл, но в марте 1943 года он скончался от туберкулеза лёгких. В честь героя в Валдае назван проспект.
В сентябре 1941 года была образована 4-я бригада Валдайского направления (с января 1942 г. — 5-я бригада) численностью 236 человек. Это резервное подразделение служило для пополнения бригад, действовавших непосредственно против немецких войск.
Люди, которые находились по ту линию фронта, вместе со всей страной поддерживали Красную Армию, передавали через партизан средства в Фонд обороны. Поразительная страница народной поддержки блокадного Ленинграда — сбор продуктов, осуществлявшийся в феврале — марте 1942 года в партизанском крае. Ночами через болота и леса шли две сотни замаскированных санных подвод с зерном, мясом, маслом и мёдом (всего 3,5 тысячи пудов). Партизаны обеспечивали вооружённый коридор. Ленинградский поэт Виссарион Саянов писал:
«Мы идем бездорожьем, где пламя,
Где пожарища грозная тень.
Братья кровные! Слышите? С вами
Партизаны родных деревень».
Небывалый обоз преодолел 120 км пути, обойдя укрепления врага. В тылу продовольствие перегрузили на машины и отправили в Ленинград, где делегацию встретили руководители города. Секретарю ЦК ВКП(б) А. А. Жданову вручили чек на 127 тысяч рублей, собранных населением партизанского края и сданных в Валдайское отделение Госбанка.
В мае 2022 года Валдаю было присвоено звание Города партизанской славы. В 2023 году на площади Свободы был установлен соответствующий памятный знак.